روزنامه جمهوری اسلامی در سرمقاله خود نوشت: متأسفانه حوزه‌های علمیه به توصیه اکید امام خمینی مبنی بر پرهیز از دریافت بودجه دولتی عمل نکردند و همین وابستگی به بودجه دولتی علاوه بر ضربه وارد کردن به استقلال حوزه‌ها و روحانیت، میان آنها و مردم نیز فاصله انداخته است.